中心的各实验室设计规范，房间高度均超过2.5m，师生均占有实际使用面积约为3.9m2，符合“示范中心”建设标准的要求。各实验室地面防滑且耐磨，实验台和实验柜耐酸碱，符合规范标准。
各实验室照明和通风良好，水、电、气管道、网络走线布局合理，符合国家规范；。各实验室均具有符合国家有关标准的防火、防盗、防爆、防破坏的基本设备及相应的安全措施。化学试剂有专用库房存放，其中有毒物品存放于保险柜中；易燃和易爆物品有专用存放设备。以上实施均有专人负责管理。
农业水工程教学中心主任负责定期检查各实验室的安全措施落实和环保实施运行情况，并及时总结和通报。
实验室都配备了废液桶，学校实验室管理处有专人定期回收和处理。
在环境与实施方面，农业水工程教学中心大力宣传绿色化的思想，努力创建绿色化的实验室，营造一个绿色化的农业水工程教学实验中心，为创新人才培养服务。